免疫共沉淀与免疫沉淀技术所使用的原理与方法大致相似，所不同的是，在免疫共沉淀中，对靶蛋白的结合与沉淀由另一个与之发生相互作用的蛋白替代。在免疫共沉淀或免疫沉淀的基础上，通过进一步与其它技术的结合，如聚丙烯酰胺凝胶电泳，还可进一步对靶蛋白的的分子量等特性进行鉴定。下面对此进行详细介绍。

实验原理

(1)免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）：利用抗原抗体特异性反应，对某个特定蛋白纯化富集的方法，主要过程包括捕获和固定。
(2)免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CoIP）：CoIP是在IP实验的基础上进行的扩展，主要用于蛋白之间的互作研究，常被用于鉴定特定蛋白复合物的中已知或未知的蛋白组分。其原理是基于抗体与抗原（靶蛋白）之间的特异性结合，此时如果样品溶液中存在能与靶蛋白相互作用的目的蛋白，会一同被拉下来，随后利用SDS-PAGE，Western Blot等方法对得到的目标蛋白进行分析，进而证明两者间的相互作用。

2、注意事项

＊确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白，单克隆抗体具有特异性强、可大量生产、易标准化等优点，使用单克隆抗体有助于避免污染的发生；

＊要确保抗体的特异性，如果抗体不能和细胞溶解物中的抗原结合，则不会引起共沉淀反应;＊确定蛋白间的相互作用是发生在细胞中，而不是由于细胞的溶解才发生的。

3、实验技巧为了确保最终得到的结果是天然状态下的相互作用，而不是由于某些方面造成的人工相互作用（也就是“假阳性”），在Co-IP的实验设计过程中，需要设置正确的对照。假设Co-IP实验的实验组为“磁珠+抗X抗体+靶蛋白X+目的蛋白Y”，则可能出现的“假阳性”及对应需要设置的实验对照如下表所示：